La Unidad de Posgrado de la UNA-Puno tiene como principal función la planificación, organización y ejecución de programas de estudios de posgrado, incluyendo maestrías, doctorados y diplomados. Además, evalúa la marcha académica y de investigación de la unidad, informa al Consejo de la Escuela de Posgrado sobre la situación de los estudiantes, y se encarga de la gestión académica, financiera y logística de la unidad.